Patoloji laboratuvarı kuruluş aşamasında planlandı

Patoloji dünyada hala büyük ölçüde lamlar, mikroskopların olduğu analog sistemlerle yürütülmektedir. Ancak bu klasik yapı, hız ve güvenilirlik açısından önemli sınırlılıklar taşımaktadır. Memorial Sağlık Grubu Patoloji Laboratuvarı bu akışı değiştirerek bugün örnek gösterilen bir noktaya gelmenin gururunu yaşamaktadır. Patoloji’nin dijital dönüşüm hikayesi, merkezin kuruluşundan önce başlamıştır. Kurumun temel hedefi; hastalara zaman ve mekandan bağımsız, standart ve güvenilir hizmet verecek bir referans merkezi oluşturmaktı ve planlama bu doğrultuda yapıldı. Patoloji, doğrudan hasta başvurusu olan bir branş olmasa da, sağlık hizmetinin neredeyse tüm alanlarını besleyen kritik bir yapıdır. Bu nedenle patoloji hizmetini kurum bünyesinde ve tamamen dijital bir altyapıyla kurma kararı alındı. Böylece Türkiye’de ilk kez, tüm laboratuvar adımlarının dijital olarak takip edildiği, tam dijital iş akışına sahip bir patoloji laboratuvarı oluşturulmuş oldu.

Hata payını azaltan sistem

Patoloji süreci; hastadan alınan doku örneğinin işlenmesi, değerlendirilmesi ve raporlanmasına kadar uzanan çok aşamalı bir yapıdan oluşur. Geleneksel yöntemlerde bu süreçte insan kaynaklı hata riski ortaya çıkabilir. Memorial Patoloji’de ise dijital takip sistemi sayesinde tüm laboratuvar adımları anlık olarak izlenebilir, geçmişe dönük kayıtlar incelenebilir ve her işlem güvenli biçimde kayıt altına alınarak; 

• Numunelerin takibi eksiksiz yapılır
• Hata riski en aza indirilir
• İş süreçleri hızlanır
• Hasta güvenliği önemli ölçüde artar

Dijitalleşmenin arkasında güçlü bir ekip var

Memorial’daki dönüşüm yalnızca teknoloji yatırımıyla sınırlı kalmadı. Dijital sistemin hayata geçirilmesi için çalışanların yeni bir kültürü benimsemesi gerekti. Üst yönetimden laboratuvar çalışanlarına, bilgi işlemden satın alma ekiplerine kadar tüm birimler aynı hedef etrafında bir araya geldi. Sürecin her aşaması ayrıntılı şekilde planlandı ve dijitalleşme kararlılıkla uygulandı. Bu başarıda değişim yönetimi kritik rol oynadı. Yeni bir sistem kurmak cihaz satın almaktan ibaret değil. Asıl önemli olan, ekiplerin bu vizyonu sahiplenmesi ve aynı hedef doğrultusunda hareket etmesidir. 

 Güçlü kadro tanıyı güvenilir kılıyor

Uzmanlaşmış hekim kadrosu merkezin diğer bir güçlü özelliğidir. Bilgi çağında tek bir hekimin tüm alt branşlara aynı ölçüde hakim olmasının mümkün olmamaktadır. Bu nedenle branşlaşmış ekip modeli daha güvenilir sonuçlar vermektedir. Gerektiğinde farklı uzmanların birlikte değerlendirme yapması, dijital altyapı sayesinde daha kolay mümkün olabilmekte ve sıkça yapılabilmektedir. Böylece hastaların doğru ve güvenilir tanıya ulaşması sağlanmaktadır. 

Yapay zeka tanıya destek veriyor

Dijital dönüşümün en dikkat çekici başlıklarından biri de yapay zeka uygulamalarıdır. Memorial Patoloji’de CE-IVD onaylı yapay zeka algoritmaları; meme, prostat ve akciğer PD-L1 vakalarında rutin olarak kullanılmaktadır. Ayrıca Ki-67 ve CMV gibi biyobelirteçlerin değerlendirilmesinde de yapay zeka desteği aktif rol oynamaktadır. Bu sistem  kişiselleştirilmiş tedavi planlarının daha güvenli biçimde oluşturulmasına da katkı sağlamaktadır. Yapay zeka sayesinde; 

• Hücre sayımı gibi tekrarlayan işlemler otomatik yapılmaktadır
• Patologlar daha karmaşık ve kritik alanlara odaklanabilmektedir
• Tanıda doğruluk ve standardizasyon artmaktadır
• Hastalara daha hızlı sonuç ulaştırılmaktadır.

Yenilikler Dünya’da referans merkezi olacak şekilde planlanıyor

Memorial Patoloji bugün Türkiye’de tam dijital patoloji laboratuvar altyapısını hayata geçiren ilk laboratuvar olma unvanını taşımaktadır. Ancak kurumun hedefi bununla sınırlı değildir. Önümüzdeki dönemde Ar-Ge çalışmaları, üniversitelerle yapılacak iş birlikleri ve yeni yapay zekâ algoritmalarının geliştirilmesiyle Memorial Patoloji’nin uluslararası düzeyde bir referans merkezine dönüşmesi amaçlanmaktadır. Memorial Patoloji’nin hikayesi, yalnızca bir laboratuvarın dijitalleşmesini değil; hasta güvenliği, hız, doğruluk ve ekip ruhu üzerine kurulan güçlü bir vizyonu temsil etmektedir. Beş yıl önce atılan bu adım, bugün Türkiye’de sağlıkta dijital dönüşümün en çarpıcı örneklerinden biri olarak gösterilmektedir. 

Memorial Patoloji’de Tanılar Tam Dijital Laboratuvarda Konuluyor yazısı ilk önce En Gazete üzerinde ortaya çıktı.

Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıp Bilişimi ve Biyoistatistik Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Uğur Sezerman liderliğinde yürütülen proje, Organoid alanındaki çalışmalarıyla tanınan İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi Baş Araştırmacısı ve bir organoid firması kurucusu Prof. Dr. Esra Erdal iş birliğiyle, kolon kanserinde kişiye özel tedaviyi somut bir laboratuvar modeline taşıyor. Proje kapsamında geliştirilen sistemle, yaklaşık 6 hafta gibi kısa bir sürede hastanın tümörüne en etkili ilacın belirlenmesi hedefleniyor.

Bioinformatik alanında uzun yıllardır çalışmalar yürüttüklerini belirten Prof. Dr. Uğur Sezerman, kanserde artık çok katmanlı veri analizinin kaçınılmaz olduğunu vurguluyor. Tümörün dijital ve biyolojik haritasını çıkardıklarına dikkat çeken Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Bioinformatik; tıbbi verileri bilgisayar tabanlı yaklaşımlarla analiz ederek tanı ve tedavide kullanılacak yöntemler geliştiren bir alan. Günümüzde DNA dizileme teknolojileri sayesinde elimizde çok büyük miktarda veri var. Özellikle kanserde, tümör dokusunu ve kandan elde edilen DNA’yı dizileyerek tümöre özgü somatik varyasyonları tespit edebiliyoruz” diyor.

Bu analizler sayesinde tümörün hangi genetik değişimlerle tetiklendiği, hangi sinyal mekanizmaları üzerinden büyüdüğü ortaya konuyor. Ancak tümör tek tip bir yapı değil. Heterojen, yani farklı klonlardan oluşan karmaşık bir yapı. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Tümör içindeki farklı klonları ve her birinin ‘driver’ dediğimiz tetikleyici mekanizmalarını belirleyebiliyoruz. Böylece tümördeki çeşitliliği yakalamış oluyoruz” ifadelerini kullanıyor.

Sadece DNA Yetmiyor: Çok Katmanlı “Omik” Analiz

Kolon kanseriyle ilgili yürüttükleri proje yalnızca DNA dizilemesiyle sınırlı değil. Transkriptom analizleriyle hangi genin ne kadar üretildiği ölçülüyor; sağlıklı ve tümör dokusu karşılaştırılıyor. Epigenetik mekanizmalar da incelenerek hangi genlerin aktif, hangilerinin baskılanmış olduğu ortaya konuyor. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Tümörün genetik yapısından hücre içinde üretilen proteinlere ve metabolik ürünlere kadar çok sayıda biyolojik veriyi, yani ‘omik veri’yi bir araya getirerek hastanın tümörünün detaylı bir modelini oluşturuyoruz. Bu kadar büyük ve karmaşık veriyi insanın tek başına analiz etmesi mümkün olmadığı için yapay zekâdan yararlanıyoruz. Bu analizlerin ardından geliştirdiğimiz PANACEA yöntemi devreye giriyor. Ağ temelli algoritmalarla tümörün tetikleyici genleri ve ilaçlarla hedef alınan genler haritalanıyor. Amaç; tüm tetikleyici mekanizmaları aynı anda susturabilecek en uygun ilaç ya da ilaç kombinasyonunu belirlemek” diyor. 

Laboratuvarda “Mini Organlar” Oluşturuluyor

Prof. Dr. Uğur Sezerman laboratuvar ortamında üretilen organoidlerin çok önemli olduğunu vurguluyor: “Hastadan alınan dokudan laboratuvar ortamında üretilen, üç boyutlu ve gerçek organa biyolojik olarak oldukça benzeyen mini doku modellerine ‘organoid’ diyoruz. Bu yapılar, tümörün hücresel mimarisini ve biyolojik davranışını büyük ölçüde taklit eder. Bu sayede ilaçlar, doğrudan hastanın tümörünün kopyası üzerinde denenebilir. Böylece hayvan deneylerine de ihtiyaç kalmaz”…

Kolon Kanseri Çalışması Dünyada ve Türkiye’de Bir İlk

Kolon kanseriyle ilgili yürütülen yeni projede, kolon kanseri hastasından alınan dokudan kişiye özel bir organoid oluşturulacak. Önce yapay zekâ ile tümörün tetikleyici mekanizmaları belirlenecek, ardından bu mekanizmaları hedefleyen ilaç adayları seçilecek. Bu ilaçlar, kök hücre ve organoid teknolojileri laboratuvarında üretilecek organoid modelleri üzerinde test edilecek.

Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Organoidler özellikle kolon kanserinde kanseri mimik edecek şekilde başarıyla üretilebiliyor; ancak bizim farkımız, kişinin kanser mekanizmasını aydınlatıp doğrudan hedefe yönelik ilaçların bu model üzerinde denenmesini sağlamak. Yüzlerce ilaç denemektense, birkaç deneyle hızlı bir şekilde organoid tümör üzerinde hastaya uygun tedaviyi belirlemenin mümkün olduğu bu yöntem dünyada da bir ilk. Omik verilerden hastanın dirençli olduğu ilaçları da, geliştirdiğimiz yapay zeka yöntemleri ile belirliyoruz. Böylece hastanın yanıt verebileceği ilaçlar ile deneme yapılmasını sağlayarak hem ekonomik yükü hafifletiyor hem de denemelerin hızlanması açısından sürece önemli katkıda bulunuyoruz” diyor.  

Bu çalışma sayesinde yaklaşık 6 hafta içinde hangi ilacın etkili olduğu belirlenecek ve sonuç doğrudan klinisyene bildirilecek. Sonrasında da hekim, en etkili tedaviyi hastaya uygulayacak. Bu tedavilerin rutine girebilmesi için tabii ki uluslararası kapsamlı klinik çalışmalara ihtiyaç olacak.

İlk Aşamada Son Evre Hastalarda Uygulanacak

Organoidlerin ilaç denemelerinde kullanımı FDA tarafından da onaylanmış durumda. Bu yaklaşım, deney hayvanı kullanımını önemli ölçüde azaltma potansiyeli de taşıyor. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Organoid üzerinde deneyeceğimiz ve çalışan tedavinin, gerçek tümörde de çalışmasını hedefliyoruz. Bu model sayesinde hayvan deneylerine ihtiyaç büyük ölçüde ortadan kalkabilir” diyor.

Çalışma ilk etapta, mevcut tüm tedavileri almış ve yanıt alınamamış son evre kolon kanseri hastalarında uygulanacak. Ancak hedef çok daha büyük. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Yöntemler geliştikçe bunu son aşamadaki hastalarda değil, hastaya ilk tanı konduğu anda uygulayabileceğiz. Böylece hasta zaman kaybetmeyecek; gereksiz ve etkisiz tedavilerle maddi ve biyolojik yük altına girmeyecek. Kolon kanserinin tüm alt türlerinde uygulanabilecek olan bu yöntem, tamamen kişiye özel bir yaklaşım sunuyor” ifadelerini kullanıyor.

2 Yılda 30 Hasta, 5 Yılda Klinik Rutine Girebilir

TEYDEB onayı alan proje kapsamında iki yıl içinde 30 hasta üzerinde uygulama tamamlanacak. Ardından yöntemin diğer kanser türlerinde, özellikle meme kanserinde uygulanması planlanıyor. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Kanser ciddi bir yara. Gereksiz ve etkisiz tedaviler hastanın en değerli şeyi olan zamanını alıyor. Artık tıbbın özüne gidip, hastalık yoktur hasta vardır yaklaşımıyla hastalığın tetikleyici mekanizmasını bulup onu hedefleyen çözümler üretmek zorundayız. Tıpta bu yaklaşımın 5 yıl içinde çok daha yaygın hale geleceğine inanıyorum. Kanserde yeni dönem artık çok net: Tümörü tam olarak anlamadan tedaviye başlanmamalı. İlaç hastaya verilmeden önce, laboratuvarda oluşturulan tümörün kopyasında denenmeli” diyor.

Kolon kanseriyle başlayan bu çalışma; gelecekte diğer kanserlerde olduğu gibi ülseratif kolit, irritabl bağırsak sendromu gibi hastalıklarda da organoid modelleri üzerinden kişiye özel tedavilerin geliştirilmesinin önünü açabilir… 

Hastaya Özel Tümör Kopyasıyla Laboratuvarda En Etkili İlaç Belirleniyor yazısı ilk önce En Gazete üzerinde ortaya çıktı.

Bioinformatik alanında uzun yıllardır çalışmalar yürüttüklerini belirten Prof. Dr. Uğur Sezerman, kanserde artık çok katmanlı veri analizinin kaçınılmaz olduğunu vurguluyor. Tümörün dijital ve biyolojik haritasını çıkardıklarına dikkat çeken Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Bioinformatik; tıbbi verileri bilgisayar tabanlı yaklaşımlarla analiz ederek tanı ve tedavide kullanılacak yöntemler geliştiren bir alan. Günümüzde DNA dizileme teknolojileri sayesinde elimizde çok büyük miktarda veri var. Özellikle kanserde, tümör dokusunu ve kandan elde edilen DNA’yı dizileyerek tümöre özgü somatik varyasyonları tespit edebiliyoruz” diyor.

Bu analizler sayesinde tümörün hangi genetik değişimlerle tetiklendiği, hangi sinyal mekanizmaları üzerinden büyüdüğü ortaya konuyor. Ancak tümör tek tip bir yapı değil. Heterojen, yani farklı klonlardan oluşan karmaşık bir yapı. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Tümör içindeki farklı klonları ve her birinin ‘driver’ dediğimiz tetikleyici mekanizmalarını belirleyebiliyoruz. Böylece tümördeki çeşitliliği yakalamış oluyoruz” ifadelerini kullanıyor.

Sadece DNA Yetmiyor: Çok Katmanlı “Omik” Analiz

Kolon kanseriyle ilgili yürüttükleri proje yalnızca DNA dizilemesiyle sınırlı değil. Transkriptom analizleriyle hangi genin ne kadar üretildiği ölçülüyor; sağlıklı ve tümör dokusu karşılaştırılıyor. Epigenetik mekanizmalar da incelenerek hangi genlerin aktif, hangilerinin baskılanmış olduğu ortaya konuyor. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Tümörün genetik yapısından hücre içinde üretilen proteinlere ve metabolik ürünlere kadar çok sayıda biyolojik veriyi, yani ‘omik veri’yi bir araya getirerek hastanın tümörünün detaylı bir modelini oluşturuyoruz. Bu kadar büyük ve karmaşık veriyi insanın tek başına analiz etmesi mümkün olmadığı için yapay zekâdan yararlanıyoruz. Bu analizlerin ardından geliştirdiğimiz PANACEA yöntemi devreye giriyor. Ağ temelli algoritmalarla tümörün tetikleyici genleri ve ilaçlarla hedef alınan genler haritalanıyor. Amaç; tüm tetikleyici mekanizmaları aynı anda susturabilecek en uygun ilaç ya da ilaç kombinasyonunu belirlemek” diyor. 

Laboratuvarda “Mini Organlar” Oluşturuluyor

Prof. Dr. Uğur Sezerman laboratuvar ortamında üretilen organoidlerin çok önemli olduğunu vurguluyor: “Hastadan alınan dokudan laboratuvar ortamında üretilen, üç boyutlu ve gerçek organa biyolojik olarak oldukça benzeyen mini doku modellerine ‘organoid’ diyoruz. Bu yapılar, tümörün hücresel mimarisini ve biyolojik davranışını büyük ölçüde taklit eder. Bu sayede ilaçlar, doğrudan hastanın tümörünün kopyası üzerinde denenebilir. Böylece hayvan deneylerine de ihtiyaç kalmaz”…

Kolon Kanseri Çalışması Dünyada ve Türkiye’de Bir İlk

Kolon kanseriyle ilgili yürütülen yeni projede, kolon kanseri hastasından alınan dokudan kişiye özel bir organoid oluşturulacak. Önce yapay zekâ ile tümörün tetikleyici mekanizmaları belirlenecek, ardından bu mekanizmaları hedefleyen ilaç adayları seçilecek. Bu ilaçlar, kök hücre ve organoid teknolojileri laboratuvarında üretilecek organoid modelleri üzerinde test edilecek.

Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Organoidler özellikle kolon kanserinde kanseri mimik edecek şekilde başarıyla üretilebiliyor; ancak bizim farkımız, kişinin kanser mekanizmasını aydınlatıp doğrudan hedefe yönelik ilaçların bu model üzerinde denenmesini sağlamak. Yüzlerce ilaç denemektense, birkaç deneyle hızlı bir şekilde organoid tümör üzerinde hastaya uygun tedaviyi belirlemenin mümkün olduğu bu yöntem dünyada da bir ilk. Omik verilerden hastanın dirençli olduğu ilaçları da, geliştirdiğimiz yapay zeka yöntemleri ile belirliyoruz. Böylece hastanın yanıt verebileceği ilaçlar ile deneme yapılmasını sağlayarak hem ekonomik yükü hafifletiyor hem de denemelerin hızlanması açısından sürece önemli katkıda bulunuyoruz” diyor.  

Bu çalışma sayesinde yaklaşık 6 hafta içinde hangi ilacın etkili olduğu belirlenecek ve sonuç doğrudan klinisyene bildirilecek. Sonrasında da hekim, en etkili tedaviyi hastaya uygulayacak. Bu tedavilerin rutine girebilmesi için tabii ki uluslararası kapsamlı klinik çalışmalara ihtiyaç olacak.

İlk Aşamada Son Evre Hastalarda Uygulanacak

Organoidlerin ilaç denemelerinde kullanımı FDA tarafından da onaylanmış durumda. Bu yaklaşım, deney hayvanı kullanımını önemli ölçüde azaltma potansiyeli de taşıyor. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Organoid üzerinde deneyeceğimiz ve çalışan tedavinin, gerçek tümörde de çalışmasını hedefliyoruz. Bu model sayesinde hayvan deneylerine ihtiyaç büyük ölçüde ortadan kalkabilir” diyor.

Çalışma ilk etapta, mevcut tüm tedavileri almış ve yanıt alınamamış son evre kolon kanseri hastalarında uygulanacak. Ancak hedef çok daha büyük. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Yöntemler geliştikçe bunu son aşamadaki hastalarda değil, hastaya ilk tanı konduğu anda uygulayabileceğiz. Böylece hasta zaman kaybetmeyecek; gereksiz ve etkisiz tedavilerle maddi ve biyolojik yük altına girmeyecek. Kolon kanserinin tüm alt türlerinde uygulanabilecek olan bu yöntem, tamamen kişiye özel bir yaklaşım sunuyor” ifadelerini kullanıyor.

2 Yılda 30 Hasta, 5 Yılda Klinik Rutine Girebilir

TEYDEB onayı alan proje kapsamında iki yıl içinde 30 hasta üzerinde uygulama tamamlanacak. Ardından yöntemin diğer kanser türlerinde, özellikle meme kanserinde uygulanması planlanıyor. Prof. Dr. Uğur Sezerman, “Kanser ciddi bir yara. Gereksiz ve etkisiz tedaviler hastanın en değerli şeyi olan zamanını alıyor. Artık tıbbın özüne gidip, hastalık yoktur hasta vardır yaklaşımıyla hastalığın tetikleyici mekanizmasını bulup onu hedefleyen çözümler üretmek zorundayız. Tıpta bu yaklaşımın 5 yıl içinde çok daha yaygın hale geleceğine inanıyorum. Kanserde yeni dönem artık çok net: Tümörü tam olarak anlamadan tedaviye başlanmamalı. İlaç hastaya verilmeden önce, laboratuvarda oluşturulan tümörün kopyasında denenmeli” diyor.

Kolon kanseriyle başlayan bu çalışma; gelecekte diğer kanserlerde olduğu gibi ülseratif kolit, irritabl bağırsak sendromu gibi hastalıklarda da organoid modelleri üzerinden kişiye özel tedavilerin geliştirilmesinin önünü açabilir… 

“Kolon Kanserinde Yeni Çağ: Tümör Laboratuvarda Kopyalanıyor, En Etkili İlaç Kopya Üzerinde Denenerek Hastaya Veriliyor” yazısı ilk önce En Gazete üzerinde ortaya çıktı.